1-آماده‌سازی بستر به روش قفسه‌ای در این روش، کشت قارچ در محلی ثابت و تا شش بستر روی همدیگر انجام می‌گیرد. این روش برای اولین‌بار در آمریکا ارائه شد و تا اواخر سال 1950 این روش جزء بهترین روش‌ها محسوب می‌شد. بعدها بسیاری از مؤسسات بزرگ پرورش قارچ در جهان روش کشت قفسه‌ای را به روش جعبه‌ای تبدیل کردند؛ ولی این روش کشت قفسه‌ای در کشور هلند هرگز رها نشد و در طی سالها هلندیها این روش را کامل‌تر کردند و امروزه نیز در هلند بیشتر از این روش استفاده می‌شود. در حالت کلی سیستم قفسه‌ای در جایی دارای برتری است که ساختمان‌های موجود برای قرار دادن جعبه‌ها مناسب نباشد امروزه سیستم قفسه‌ای را اکثراً در موسساتی می‌توان مشاهده کرد که کمپوست آماده خریداری می‌کنند و یا اینکه کمپوست خیلی زیاد را پاستوریزه می‌کنند.

در این روش سالن‌های پرورش با قفسه‌های متعدد قفسه‌بندی می‌شوند. چهار چوب قفسه‌ها را معمولاً از چوب یا آهن گالوانیزه می‌سازند. صفحه‌های بین آن‌ها چوبی یا توری است. راهرو اصلی سالن پرورش قارچ باید یک متر باشد و سایر راهروهایی که در آن‌ها رفت و آمد صورت نمی‌گیرد فقط دارای عرض 60 سانتی‌متر خواهند بود. علاوه بر این 20 سانتی‌متر هم برای عبور دادن لوله‌های  آب گرم در نظر گرفته می‌شود. سیستم طبقه‌ای به طور آزاد در سالن قرار داده می‌شود؛ به طوری که از دو طرف قابل دسترسی و کارکردن می‌باشد. با در نظر گرفتن اینکه اندازه معمولی بازوی انسان 70 سانتی‌متر می‌باشد. قفسه‌ها را به عرض 4/1 متر می‌سازند. فاصله سطح بستر یک طبقه تا قسمت زیرین بستر طبقه بعدی حداقل باید 40 سانتی‌متر باشد ارتفاع دیواره‌های جانبی قفسه‌ها بستگی به ضخامت پیش‌بینی شده لایه‌های کمپوست دارد و بین 15 تا 20 سانتی‌متر در نظر گرفته می‌شود .

مکانیزه نمودن مؤسسه‌های پرورش قارچ با سیستم قفسه‌ای با تلاش و کوشش چندین ساله متخصصین هلندی اکنون به درجه‌ای از تکامل رسیده است که قابل مقایسه با سیستم جعبه‌ای می‌باشد